存在的问题：
一、 法律宣传难深入。
《人民调解法》颁布实施之际，虽然进行了宣传，但如蜻蜓点水，没有深入人心。表现在矛盾双方当事人完全不了解司法确认制度，调解组织、调解人员也不了解或者不完全了解司法确认制度，连法院法官对司法确认制度受理、办理程序和法律文书格式也是一知半解。司法确认作为人民调解法中最具亮点最有实践价值的一项制度沦为一纸空文。
二、业务指导不到位。
“三调联动”推行以来，以“大调解”方式解决矛盾纠纷的意识不断提高，但部门单位协作联动还没有形成正规化、常态化的局面。人民调解组织隶属司法行政管理，不同的管理序列导致人民法院对调解组织的业务指导很难落到实处。调处法律关系复杂一些的矛盾纠纷时，难以做到辩法析理、解惑释疑，让当事人觉得依据不充分、底气不充足，内心摇摆不定，出现调解不成或调解后反悔情况。
三、调诉对接欠紧密。
目前对法院委托的诉前调解，在法院和调解组织的密切配合下，基本能做到无缝对接。但以其它形式受理的调解，通常很难及时对接，当事人无从利用“司法确认”这一有力的武器维护权益。
四、 职业道德无底线。
目前人民调解员中部分人员具有双层身份，既任调解员，又是基层法律服务工作者，利益驱动导致职业道德偏移，其中不乏有人在调解纠纷时不考虑当事人的利益、不考虑诉讼成本，有心地将一些可以调解兑现的纠纷导入诉讼程序，从而担任一方当事人的代理人，收取代理费。
五、 调解程序需完善。
司法确认制度设立以后，人民调解在程序上有待地作一些相应调整，目前的人民调解还没有将必须出具书面调解协议的情形作出具体规定，也没有在调解程序中设立司法解认告知义务。
建议：
一、开展专门的业务培训。
一是面向全体人民调解员培训。通过培训了解司法确认制度的全部内容、设立目的和实际意义，掌握向当事人释明和告知司法确认制度的程序和方法、申请书的格式以及所附证据材料等。二是面向立案庭、民一庭、法庭局执行全体人员培训。学习《人民调解法》、《最高人民法院关于人民调解协议司法确认程序的若干规定》，系统地掌握案件受理、办理流程、法律文书格式等。
二、强化法院的业务指导职能。
建立联系会议制度、咨询服务制度、研究讨论制度，加强法院与调解组织的工作联系。对一些重大敏感或者法律关系复杂的纠纷，由调解员预约法官进行专门的研究讨论，提供法律支持，保证调解不偏离法律框架。人民法院应加强指导，帮助人民调解组织厘清哪些案件属于可调解范围，哪些案件属于可申请司法确认范围。对一些涉及人身关系比如婚姻、收养、身份关系的矛盾纠纷，指导调解组织严把“入门关”。加强业务指导可以从源头上确保人民调解协议的合法有效，为确认协议有效、确定强执执行依据做好准备，也为当事人节约了时间成本和诉讼费成本。
三、迅速完善调解程序。
在调解中设立司法确认权利告知程序，要求调解员用通俗易懂的语言就申请司法确认的期限、目的向当事人明确告知并记入调解笔录。对不能当即履行的调解，制作书面调解协议并在最后一段明确可向法院申请确认的权利和期限。
四、完善便民措施。
一是通过网站向社会公示司法确认申请流程，分别在法院和立案窗口各乡镇、街道建立调解司法确认流程公示栏。二是对前来申请调解的当事人发放书面的宣传资料。三是在法院立案庭诉讼引导、立案指导功能区增设如何进行司法确认的内容，准备司法确认申请书样本。四建立司法确认流动法庭，加强调诉对接，派出审判人员深入调解现场，对部分不能当场履行的调解案件实行当场受理、当场审查、当场确认。
五、规范人民调解员队伍。
司法行政机关应严把调解员“入门关”和基层法律工作者准入关，确保调解员队伍中没有基层法律工作者，确保注册的法律工作者中没有调解员。对司法所长既任人民调解员又兼职法律工作者的，应由主管部门进行全面清理。